בשנות פועלו הראשונות, קרא הרב קוק ליהודי אירופה לעלות ארצה ללא דיחוי, ולברוח מכוחות הרוע האנטישמיים שהתגברו שם במהירות. זאת בשונה מהמסר של הרבנות החרדית המתנגדת לציונות ולעלייה לארץ, שהטיל מרותה על המוני העם שחיו באירופה באותם זמנים.

"אחינו בני ישראל, אחים אהובים ויקרים, בואו לארץ ישראל. הילקטו לאחד אחד, אל תמתינו על סדרים ודברים רשמיים, אל תמתינו על רישיונות מרעישים ומפורסמים, עשו מה שתוכלו, הימלטו והיאספו בואו לארץ ישראל, סולו סולו המסילה בעד עמנו האהוב והנדכא… דרך אחד יש לפניו, ודווקא בה ילך, ובה הוא מוכרח ללכת, דווקא לארץ ישראל". (הראי"ה קוק, מאמרי הראי"ה, ירושלים תשמ"ח, "הקריאה הגדולה: לארץ ישראל")

שמו של הרב קוק כענק בתורה, הלך לפניו ביישוב היהודי של אותם ימים, ובשנת 1904 הוא עלה ארצה ולבקשת קהילת יפו התמנה לרב הקהילה. בשנת 1914 הוא יצא לשווייץ לכנס "אגודת ישראל" ונאלץ להישאר באירופה בגלל פרוץ מלחמת העולם הראשונה. הוא הסכים להתמנות באופן זמני כרב בלונדון, בתנאי שיעלה ארצה מיד כשיתאפשר הדבר.

בשנת 1919 שב הרב קוק ארצה, ועם חזרתו התמנה כרב העיר ירושלים. בהמשך הוא הקים את מוסד הרבנות הראשית והתמנה לרב האשכנזי הראשון לישראל. בשנת 1920 הוציא לאור את ספרו הידוע "אורות" בו עסק בתפיסה האוניברסלית של האלוהות, האהבה ואחדות הכול. כתביו וגישתו נבעו בעיקר מתורת הקבלה של האר"י.

חתן פרס ישראל, הפרופ' אליעזר שביד, תיאר את חזונם המשותף של הרב קוק ושל בעל הסולם לפרסום חכמת הקבלה הקוראת לאיחוד העם והעולם:

"שניהם התעמקו במקורות העיוניים של הקבלה והסתמכו עליה; שניהם היו בטוחים שהשעה היא שעת אתחלתא מוחשית של הגאולה; שניהם תפסו ודאות זו כאסמכתא מוצקה, שעל-ידה הצדיקו את העזתם הרעיונית, ושניהם אמנם העזו לומר – וגם לפרסם בגלוי – שאחד מממדי הגאולה המובהקים ביותר היא העלייה ברמה הרוחנית הכללית של הדורות האחרונים, שעל כן דברים שהיו בעבר בבחינת סודות מוצפנים אפשר, ועל כן גם מצוה, לגלותם עתה, כדי להביא להתפשטות הגאולה".

הרב קוק הדגיש כי אין די בקיום תורה ומצוות במובן הדתי הפשוט והרגיל, אלא חובה ללמוד ולפרסם את פנימיות התורה, היא חכמת הקבלה. זו החכמה המעלה את האדם לרום המעלות של אחדות עם הטבע והאנושות כולה. וזוהי תפיסת האלוהות האמתית, תפיסה של אהבה אינסופית.

"עתה קרבו הימים, שהכל יכירו וידעו, שישועת ישראל וישועת העולם כולו תלויה רק בהופעת חכמת אור הגנוז של פנימיות רזי תורה בשפה ברורה". הראי"ה קוק